افکار خودکار شکل ویژه‌ای از شناخت هستند که گاهی اوقات با طرحواره‌ها اشتباه گرفته می‌شوند، خصوصا به دلیل اینکه این دو در بعضی جنبه‌ها با هم همپوشی دارند. افکار خودکار در ابتدا توسط بک (1976) به عنوان شناخت‌های خود انگیخته‌ای تعریف شدند که اغلب در یک منش پایدار اتفاق می‌افتد و عمدتا آگاه و به راحتی قابل دسترسند. بنابراین، افکار خودکار آگاه، میانبری را برای کشف باورهای زیر بنایی وطرحواره‌های شخص فراهم می‌آورند. برای مثال، زنی که ابراز احساسات منفی به شوهرش را به سختی تحمل می‌کند ممکن است این فکر خودکار را تجربه کند که، «در زندگی هیچ جایی برای احساسات وجود ندارد»، و این در یک باور زیربنایی یا یک طرحواره ریشه دارد که «احساسات با ناتوانی و ضعف برابرند و ضعف می‌تواند منجر به مرگ شود». گاهی اوقات، افکار خودکار می‌توانند در ورای آگاهی یک فرد نیز رخ دهند؛ که برای کشف آنها باید متون ویژه‌ای را به کار برد (اپستین و بوکوم، 2002؛ داتیلیو و اپستین، 2003). طرحواره‌های زیر بنایی وسیع، عموما از طریق افکار خودکار افراد آشکار می‌شوند، اما ابراز تمام افکار خودکار طرحواره‌ها را آشکار نمی‌کند. برای مثال ممکن است افکار خودکار تنها اسنادهای یک فرد را درباره علل رویدادهایی که وی مشاهده کرده، نشان دهند (برای مثال، «پسرم به من نمی‌گوید که چرا همسر و فرزندانش برای او مهمتر از من هستند»).
بسیاری از دیدگاه های نظریه‌ای معتقدند که افراد ساختارهای شناختی را از طریق تعاملات با محیط‌شان توسعه می‌دهند. این ساختارهای شناختی فرد که از دوران کودکی ایجاد و تا بزرگسالی ادامه می‌یابند، به دیگر حوزه‌های ارتباطی او‌ (مانند روابط زناشویی و بین فردی دیگر) تعمیم یافته و با ساختارهای شناختی طرف مقابل تداخل می‌کند. این فرضیات درباره رخداد ویژگی‌ها و فرآیندها در زندگی زناشویی، کارکرد ناسازگای را منطبق با تجارب فرد در قالب الگوهای معنی دار فراهم می‌آورد(بالدوین، 1992؛ بوکوم، اپستین و سایرز، 1989؛ اپستین، بوکوم و رانکین، 1993). برای مثال اگر فردی در دوران کودکی خود تنها وقتی رفتارهای دلخواه خاصی را نشان می‌داده محبت و توجه از سوی والدینش دریافت می‌کرده، با احتمال بیشتری این طرحواره در ذهن او نقش می‌بندد که «عشق و توجه والدین شرط هستند.» و اگر با این باور بزرگ شود و محیط نیز باور او را تقویت کند، با احتمال بیشتری در او ریشه دار‌شده و‌ممکن است انتظار داشته‌باشد که عشق و توجه را در روابط صمیمانه خود با دیگران به طور شرطی دریافت کند. ممکن است افراد این طرحواره را برای دیگر روابط خود در زندگی آینده، همچون روابط زناشویی و رابطه با فرزندانشان نیز به کار ببرند. بنابراین روابط جاری زوجین تحت تاثیر طرحواره‌های نسبتا قدیمی و کهنه‌ای است که از والدین آنها ناشی شده و بر طرحواره‌های آنها که تعاملات خانوادگی خود را بر این اساس بنا نهاده‌اند، تاثیر می‌گذارد (داتیلیو، 1993).