1-5-1 هلیکوباکتر پیلوری………………………………………………………………………………….9

 

1 -5-2- رژیم غذایی…………………………………………………………………………………….10

 

1 -5-3- سیگار…………………………………………………………………………………………….10

 

1-5-4- فاکتورهای ژنتیکی……………………………………………………………………………….11

 

1-6- مخاط معده………………………………………………………………………………………….12

 

1-7- موکوس معده………………………………………………………………………………………..12

 

1-8- پروتئین های گاستروکین …………………………………………………………………………13

 

1-8-1- ژن GKN1 ………………………………………………………………………………………

 

1-8-2-نقش GKN1 در معده و سرطان معده……………………………………………………………16

 

1-9- ارتباط پلی مورفیسم‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ ژنتیکی با خطر ابتلا به سرطان……………………………………18

 

1-10- اهداف تحقیق……………………………………………………………………………………..20

 

فصل دوم:پیشینه تحقیق

 

فصل سوم:مواد و روش ها

 

3-1- وسایل و مواد مورد استفاده در این مطالعه…………………………………………………….24

 

3-2- نوع مطالعه………………………………………………………………………………………….26

 

3-3- جامعه آماری و نمونه گیری……………………………………………………………………..26

 

3-4- رضایت نامه………………………………………………………………………………………..27

 

3-5- روش تهیه محلول‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ مورد نیاز جهت انجام الکتروفورز………………………………………..27

 

3-5-1-روش تهیه بافر الکتروفورز TBE در حجم 500 میلی لیتر…………………………………….27

 

3-5-2- محلول رنگ آمیزی DNA Stain ………………………………………………………………

 

3-6- استخراج DNA از خون…………………………………………………………………………..28

 

3-7- تهیه ژل آگارز و الکتروفورز…………………………………………………………………………29

 

3-8- طراحی پرایمر……………………………………………………………………………………..30

 

3-9- تکثیر ناحیه پروموتری ژن GKN1………………………………………………………………..

 

3-10- توالی یابی……………………………………………………………………………………….35

 

3-11- شناسایی SNPهای پروموتر ژن GKN1 ……………………………………………………….

 

3-12- تکنیک  Tetra Primer ARMS- PCR…………………………………………………………..

 

3-13- تعیین ژنوتیپ  SNP با شناسه های rs4575760  و rs4072127 با روش Tetra- primer ARMS PCR

 

3-14- آنالیز آماری……………………………………………………………………………………..42

 

پرسشنامه………………………………………………………………………………………………43

 

فصل چهارم-نتایج

 

4-1- مشخصات جمعیت مورد مطالعه………………………………………………………………..44

 

4-2- بررسی ارتباط فاکتورهای خطر با سرطان معده………………………………………………47

 

4-2-1- عفونت هلیکوباکتر پیلوری……………………………………………………………………47

 

4-2-2- مصرف الکل…………………………………………………………………………………..48

 

 

4-2-3- ازدواج فامیلی والدین………………………………………………………………………..49

 

4-2-4- سابقه سرطان در خانواذه………………………………………………………………….51

 

4-3- بررسی کیفیت DNA استخراج شده…………………………………………………………..51

 

4-4- تکثیر ناحیه پروموتری ژن‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ GKN1……………………………………………………………..

 

4-5- شناساییSNP  های ناحیه پروموتری ژن GKN1…………………………………………..

 

4-6- تعیین ژنوتیپ  SNPبا شناسه‌های rs4575760 وrs4072127  با تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR

 

4-7- بررسی ارتباط پلی مورفیسم rs 4575760  ژنGKN1  با خطر ابتلا به سرطان معده……58

 

4-8- بررسی ارتباط پلی مورفیسم rs 4072127 ژن GKN1 با خطر ابتلا به سرطان معده…….58

 

4-9- بررسی ارتباط پلی مورفیسم‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ ژنGKN1   با نوع تومور………………………………..60

 

فصل پنجم-بحث و نتیجه گیری

 

5-1- عوامل موثر در ابتلا به سرطان معده…………………………………………………………62

 

  5-1-1- بررسی نتایج حاصل از اثر عفونت هلیکوباکتر پیلوری بر ابتلا به سرطان معده……..63

 

  5-1-2- بررسی نتایج حاصل از تاثیر الکل با خطر ابتلا به سرطان معده………………………..63

 

  5-1-3- سابقه سرطان در خانواده (اقوام درجه یک)……………………………………………..64

 

5-1-4- نتایج حاصل از بررسی ارتباط پلی مورفیسم‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ تک نوکلئوتیدی پروموتر ژن GKN1 با خطر ابتلا به سرطان معده….65

 

پیشنهادات………………………………………………………………………………………….67

 

رفرنس……………………………………………………………………………………………….68

 

چکیده خارجی………………………………………………………………………………………78

 

چکیده:

 

مقدمه: سرطان معده شایع ترین سرطان در کشورهای آسیایی محسوب می‌‌‌‌‌‌‌‌شود و در ایران نیز به عنوان شایع ترین و اولین علت مرگ و میر به دلیل سرطان در میان مردان و دومین علت مرگ و میر در میان زنان است. یکی از عواملی که با سرطان معده ارتباط دارد، تغییر در ترکیب موکوس معده است که سطح ‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌اپی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌تلیال معده را پوشانده است. هدف: یکی از فراوان ترین پروتئین‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ موجود در موکوس معده گاستروکین 1 است که توسط ژن GKN1 در انسان کد می‌‌‌‌‌‌‌‌شود. این پروتئین در عملکرد طبیعی معده مثل تمایز طبیعی سلول‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ اپیتلیال معده، یکپارچگی مخاط و ترمیم سلول‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ اپیتلیال معده پس از آسیب نقش مهمی ایفا می کند. بیان ژن GKN1 در سرطان معده کاهش می یابد و از این ژن به عنوان ژن سرکوب کننده تومور در معده نام برده می شود.

 

مواد و روش ها: با توجه به نقش مهم گاستروکین 1 در ‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌اپی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌تلیوم معده و کاهش بیان ژن GKN1 در سرطان معده و نقش تنظیمی پروموتر در بیان ژن ها، در این مطالعه 52 بیمار مبتلا به سرطان معده و 52 فرد سالم انتخاب شده و پلی مورفیسم‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ تک نوکلئوتیدی قرار گرفته در ناحیه پروموتری ژن GKN1 با استفاده از توالی یابی و تکنیک Tetra-primer ARMS PCR بررسی گردید.

 

نتیجه گیری: نتایج نشان داد که پلی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌مورفیسم تک نوکلئوتیدی rs 4575760 با خطر ابتلا به سرطان معده ارتباط دارد (032/0=P , 1=df  ,9/0-1/0 =%95CI ,42/0=OR). اما پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی rs 4072127 با خطر ابتلا به سرطان معده ارتباط ندارد ( 13/0 =P  , 1 =df , 52/4 – 8/0=%95CI  , 919/1 =OR).

 

فصل اول: کلیات

 

1-1- اپیدمیولوژی سرطان معده

 

سرطان معده چهارمین سرطان شایع در جهان است (1 و 2) و به عنوان اولین علت مرگ و میر به دلیل سرطان در مردان و دومین علت مرگ و میر در زنان شناخته شده است. با توجه به برآوردهای جهانی٬ سالیانه بیش از 930000 نفر به این بیماری مبتلا می‌‌‌‌‌‌‌‌شوند و حداقل 700000 نفر جان خود را از دست می‌دهند (3).

 

شیوع این سرطان در کشورهای مختلف تنوع گسترده‌ای دارد به طوری که کشورهای ژاپن٬ کره٬ چین٬ شیلی٬ کاستاریکا و برزیل با میزان شیوع بیش از 20 نفر به ازای هر 100 هزار نفر نواحی پرخطر٬ بیشترین شیوع سرطان معده را دارند (3). نواحی با خطر متوسط کشورهایی هستند که بین 20-10 نفر مبتلا در هر 100 هزار نفر دارند که شامل کشورهای ایتالیا٬ انگلستان٬ آلمان٬ هلند و ترکیه می‌شود (3) و در نهایت، نواحی با خطر کم کشورهایی هستند که کمتر از 10 نفر مبتلا در هر 100 هزار نفر را دارند و آمریکا٬ کانادا٬ سوئد٬ دانمارک٬ مصر٬ هند و استرالیا را شامل می‌شود (3).

 

بر اساس مطالعات انجام گرفته، بروز سرطان در ایران 1/49 نفر در مردان و 9/25 نفر در زنان در هر 100 هزار نفر گزارش شده است;بنابراین ایران جزء کشورهای پرخطر محسوب می‌شود (3). اگرچه شیوع جهانی سرطان معده در سال‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ اخیر به طور چشمگیری کاهش یافته است٬ اما شایع ترین سرطان در ایران به ویژه در شمال و شمال غرب ایران شناخته شده است (3 و 4).

 

میزان بروز این سرطان حتی در نواحی مختلف ایران نیز متفاوت است٬ در اردبیل بالاترین میزان شیوع سرطان معده را دارد و بعد از آن شهرهای سمنان، گلستان، شرق آذربایجان و تهران به ترتیب دارای بالاترین آمار ابتلا به سرطان معده در مردان و زنان در ایران هستند، در حالی که کمترین شیوع در کرمان (2/10 برای مردان و 1/5 برای زنان) گزارش شده است (3 و 4).

 

2-1- معده

 

دستگاه گوارش وظیفه هضم، جذب غذا و مواد مورد نیاز بدن و تبدیل آن به انرژی را بر عهده دارد. معده قسمتی از لوله گوارش است که بین روده کوچک و مری قرار دارد و وظیفه اصلی آن هضم غذا است. غذا پس از ورود به معده چند ساعت توقف کرده و در این مدت دچار هضم شیمیایی و فیزیکی می‌‌‌‌‌‌‌‌شود (5). معده از نظر آناتومی ‌‌‌‌‌‌‌‌به چهار قسمت تقسیم می‌‌‌‌‌‌‌‌شود: کاردیا، فوندوس یا طاق معده، تنه (بدنه) و پیلور (شکل 1-1). هر یک از این بخش ها، سلول ها و عملکرد‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ مختلف دارند (6). ابتدا و انتهای معده با دو دریچه محدود شده است، دریچه‌ای که مری را به معده وصل می‌‌‌‌‌‌‌‌کند، کاردیا، و دریچه ای که معده را به روده کوچک متصل می‌‌‌‌‌‌‌‌کند، پیلور نامیده می‌‌‌‌‌‌‌‌شود (5).