طبقه بندی پپتیدهای تولیدشده براساس انرژی.. 35

انتخاب بهترین پپتیدها براساس انرژی.. 36

ایجاد ساختار سه بعدی پایدارترین پپتیدها 36

اتصال پپتیدهای طراحی شده باگیرندهTrk B.. 36

بررسی اندرکنشهای پپپتیدی و رسپتور. 38

بخش ازمایشگاهی.. 38

محلولها 38

کشت سلولی.. 38

پاساژسلولی (sub-culture) 39

سلولهای چسبنده. 39

سلولهای سوسپانت.. 40

فریز کردن. 40

طرزتهیهFBS دکمپلمان برای استفاده درکشت سلولی.. 41

ذوب کردن. 41

شمارش سلولی.. 41

MTT Assay. 42

غلظتهای استفاده شده برای پپتید. 43

فلوسایتومتری.. 43

استخراج پروتئین.. 44

مواد مورد استفاده برای جمع آوری کردن(Harvest) سلول. 45

اندازهگیری پروتئین با روش برادفورد. 47

مراحل وسترن بلاتینگ… 47

آماده سازی ژلSDS-PAGE 48

آماده کردن پروتئینها برای Loading در SDS-PAGE.. 50

مرحله ترانسفر. 51

Preparation of solutions. 52

آماده کردن کاغذ pvdf. 53

مرحله بلات کردن. 53

طراحی کتابخانه پپتیدی.. 55

IC50% سلولها 57

پیشگویی ساختار سه بعدی.. 58

تداخل لیگاند – رسپتور. 59

آمینواسیدهای شرکت کننده دراندرکنش… 61

نمایش اندرکنشهای گیرنده  Trk Bبا پپتیدهای طراحی شده. 62

بررسی اثر توکسیک پپتیدهای سنتزشده با آزمون بقا سلول. 65

نتایج فلوسایتومتری.. 71

نتایج وسترن بلات.. 77

اندرکنشهای پپتیدها و رسپتور. 79

بحث.. 82

منابع. 90

خلاصه فارسی

سرطان به عنوان دومین عامل مرگ ومیر بعد از بیماریهای قلبی ساخته شده است،یکی از مهمترین پروتئینهای انکوژن TREKB می باشد که لیگاند اختصاصی آن BDNF(Brain derived neutrophic factor)   می باشد وبیان بیش از حد این گیرنده در سرطانهای پروستات و مولتیپل مایلوما و تخمدان و تیروئید مشاهده شده است.